长峰智树是风见坂学园二年级的学生。由于父母在海外工作，自从入学风见坂学园以来，他就一直住在青梅竹马皆川夕日的家中。

在平静的校园生活中，他的课余时间主要是在图书馆委员会工作，以及在夕日家的咖啡馆“夕之亭”帮忙。某天，智树被他仰慕的前辈、图书馆委员会会长绫濑沙雪推荐了一本书，于是他来到了位于商业街边缘的二手书店“风林堂”。正如智树所料，这家书店破败的外观与内部环境形成了鲜明的对比。空气潮湿，书架上满是污渍，无数书籍都蒙上了一层灰尘。

即便如此，他还是觉得离开书店有些不妥，于是决定进去寻找那本书。在店里闲逛了一会儿后，一本书吸引了他的目光。一本旧书，书脊上写着“你的日记”。不知为何，他被这本书深深吸引，于是拿起它，缓缓翻开——一个女孩带着温暖的光芒跃然而出。“你是悠亚的新朋友吗？”与自称“神”的神秘女孩悠亚相遇后，围绕在智树身边的女孩们的命运开始改变。还有一本洁白无瑕的日记。